У меня такая проблема:
Диск 1 ssd
Диск 2 обычный (архивный)
Установил mint 17 на диск 1
/ основной в начало
Swap логический в начало
/home логический в начало
Галочку загрузочник на диск 1.
Второй даже не трогал, там ntfs.
Выполнил установку, все норм, перезагружаю, иду в биос.
В настройках
Ide 0 диск 1
Ide2 диск 2
Achi (или как он там) включен.
В меню boot только диск 2
В итоге система не грузится.
РЕШЕНО
Не добавил в самом начале раздел /boot/efi сбила меня с толку "Галочку загрузочник на диск 1."