Столкнулся я недавно с такой проблемой: если в системе установлена видеокарта GeForce с проприетарными драйверами из репозиториев (пакет nvidia-glx), то после обновления ядра системы графическая оболочка не грузится, приходится из консоли давать команду sudo apt-get remove nvidia-*, после чего оболочка нормально грузится со свободным драйвером nouveau, и уже после этого можно снова поставить проприетарный драйвер из репозиториев. Раньше ни в Ubuntu, ни в Debian'е таких проблем не было: драйвера на NVidia ставили из репозиториев только потому, что при обновлении ядра они автоматически пересобираются под него при помощи DKMS.
Как сейчас можно побороть это мелкий, но неприятный баг?