Столкнулся с такой проблемой - не выключается Xubuntu 12.04.1 LTS (Precise Pangolin), возможно после обновления до указанной версии. Собственно тему открыл потому, что решил проблему так. Достал батарейку на 1 минуту, из материнской платы, и все заработало, система выключается без проблем.
Так понял, проблема не в системе а в Биосе. Проделывать сию операцию с выключенным питанием.
Выключить компьютер. Найти круглую плоскую батарейку на материнской плате. Аккуратно вытащить её из гнезда, отогнув фиксатор, и положить отдельно. Подождать 1 минуту. Вставить батарейку обратно.